Uma solução rápida para quem utiliza a PHPThumb em seus projetos e de uns tempos pra cá vem se deparando com mensagens semelhantes a esta:

Fatal error: Uncaught exception 'Exception' with message
'Your GD installation does not support JPG image types'
in '(...)\phpthumb\ThumbBase.inc.php:165 Stack trace:
#0 (...)\phpthumb\GdThumb.inc.php(1081): ThumbBase->triggerError('Your GD install...')
#1 (...)\phpthumb\GdThumb.inc.php(101): GdThumb->verifyFormatCompatiblity()
#2 (...)\phpthumb\ThumbLib.inc.php(127): GdThumb->__construct('D:/xampp/htdocs...', Array)
#3 (...)\phpthumb\ThumbBase.inc.php on line 165

A solução é mais simples do que você pode imaginar. Se você tem certeza que sua biblioteca GD está instalada corretamente, tente o seguinte:

No arquivo GdThumb.lib.php, procure por volta da linha 1060 pelo método verifyFormatCompatiblity(). Substitua as linhas:

case 'JPG':
case 'PNG':
$isCompatible = $gdInfo[$this->format . ' Support'];
break;

Pelo código abaixo:

case 'JPG':
$isCompatible = (isset($gdInfo['JPG Support'])) ? $gdInfo['JPG Support'] : $gdInfo['JPEG Support'];
break;
case 'PNG':
$isCompatible = $gdInfo['PNG Support'];
break;

O método completo deverá ficar assim:

	protected function verifyFormatCompatiblity ()
	{
		$isCompatible 	= true;
		$gdInfo			= gd_info();

		switch ($this->format)
		{

			case 'GIF':
				$isCompatible = $gdInfo['GIF Create Support'];
				break;
      case 'JPG':
        $isCompatible = (isset($gdInfo['JPG Support'])) ? $gdInfo['JPG Support'] : $gdInfo['JPEG Support'];
        break;
      case 'PNG':
        $isCompatible = $gdInfo['PNG Support'];
        break;
      default:
				$isCompatible = false;
		}

		if (!$isCompatible)
		{
			$this->triggerError('Your GD installation does not support ' . $this->format . ' image types');
		}
	}

Salve o arquivo e teste.